Figure 2

Figure 3A

Figure 3B

Supplemental Figures

Supplemental Figure 2

Supplemental Figure 3

Supplemental Figure 5

Supplementary Table 1

Source Patient Time point Cell Type Unique Sites Inferred cells Total Reads Chao1 Chao1_norm
BM WAS4 12 G 3522 20989 541656 5248 5248
M 1328 2672 185065 2779 2779
B 6949 19823 410933 18362 18362
K 3600 8253 414953 8613 8613
T 22160 58574 784482 41559 26812
Total 29109 110311 2337089
36 G 3107 15537 3374318 4973 4973
M 1213 2449 1295828 2620 2620
B 1858 4217 1968370 4888 4888
K 492 792 1052663 1541 1541
T 5134 12424 6018608 7830 7318
Total 9304 35419 13709787
48 G 3253 16297 1936773 6464 6464
M 1530 4519 621789 2750 2750
B 2644 10792 606433 5534 5373
K 1737 7655 793580 2800 2800
T 6830 15429 704280 16841 12116
Total 10465 54692 4662855
60 G 1556 5879 310337 2584 2584
M 821 1575 929658 1879 1879
B 1037 2167 895370 2281 1825
K 352 544 388989 1070 1070
T 2018 3122 572697 7347 4453
Total 3985 13287 3097051
WAS5 12.6 G 482 719 401074 1336 1336
M 572 936 474247 1481 1481
B 1232 2388 1631676 3546 3546
K 1307 5792 2089182 3432 3432
T 1082 2564 1800038 3406 3406
Total 3909 12399 6396217
36 G 657 1497 901995 1378 1378
M 480 871 711544 1278 1278
B 726 1261 963662 2059 2059
K 218 714 565592 547 547
T 1178 3289 1404024 3236 3236
Total 2579 7632 4546817
43 G 227 357 673391 705 705
M 134 215 557509 338 338
B 226 372 706233 679 679
K 205 375 825181 1183 1183
T 488 968 753724 1507 1507
Total 1111 2287 3516038
55 G 786 1857 1102634 1943 1943
M 371 634 1069846 1036 1036
B 1216 3874 549149 2622 2622
K 437 4367 541995 1404 1236
T 1375 5560 606035 2983 2983
Total 2941 16292 3869659
bS/bS 12 G 3261 11659 297560 5592 2543
M 442 597 619210 1380 711
B 3580 9599 272895 6943 3883
K 1212 1665 140699 4253 2263
T 220 255 95752 1062 1062
Total 5775 23775 1426116
24 G 1764 6197 547074 3264 1632
M 1302 3484 530065 2961 1526
B 3135 8773 659816 6631 3684
K 810 1327 496632 2273 1098
T 1547 3549 543946 3655 3583
Total 5018 23330 2777533
MPB WAS2 22 G 1517 1692 532650 9389 9389
M 792 979 777844 3211 3211
B 1532 2134 1965637 5230 5230
K 562 788 1573787 2511 2511
T 7991 21272 2857783 15805 14634
Total 12131 26865 7707701
48 G 2673 3179 1136904 10978 10978
M 2241 2745 1345987 9187 9187
B 1177 1430 1005568 4931 4931
K 1097 1339 931621 5287 5287
T 5882 9503 2335220 15890 15890
Total 12193 18196 6755300
78 G 4391 5610 948053 15689 15689
M 2849 3462 889890 11559 11559
B 6080 7952 1087357 24868 24868
K 855 1043 884619 3354 3354
T 6329 11042 788230 17397 12634
Total 17725 29109 4598149
WAS7 12 G 930 1300 1416984 5358 5358
M 81 108 646855 231 231
B 307 375 662941 1254 1254
T 1200 1692 1025216 4662 4662
Total 2506 3475 3751996
30 G 704 846 762681 3314 3314
M 303 355 609768 2032 2032
B 1066 1315 1082948 4231 4231
K 289 333 562691 2939 2939
T 5098 7880 1513247 20336 20336
Total 7103 10729 4531335
48 G 1761 2175 165708 6487 6487
M 851 943 199150 5125 5125
B 1897 2381 240036 8137 8137
K 590 674 173155 3595 3595
T 11069 19900 210874 33747 29345
Total 14480 26073 988923
b0/bE 11 G 34730 36331 476854 470231 126237
M 28516 29909 479346 383248 103974
B 19748 20263 573847 447795 173833
K 685 725 381485 9252 2991
T 5283 5421 318416 127632 127632
Total 85299 92649 2229948
36 G 11334 12844 594165 121011 28744
M 1843 2064 627486 14972 3679
B 9783 10333 597782 139813 43966
K 1898 2072 590748 20599 6059
T 3638 3853 559159 45386 30057
Total 27228 31166 2969340
48 G 38927 49117 715834 233375 52444
M 17637 22114 538157 137181 33216
B 22994 25599 706693 261793 80305
K 15256 17666 491821 136955 37015
T 18136 21126 659184 128574 86291
Total 98185 135622 3111689